ペダルが付属してれば別として、ない場合迷うかもしれません。
フラットペダルでは、ロードの本来の能力を知らずに過ごすことになります。また、フラットだと、なんちゃってロードバイク乗りに見えるので、カッコよくありません。
ビンディングは、ロード用とMTB用があり、ペダルとシューズはロード用とMTB用で互換性はありませんので、買い換える場合は、両方変えることになります。 靴とペダルで２万円以上しますから、取りあえずフラットペダルにして、後で替えようと思っても、多分しません。
走ることしか使わないならロード用、歩き回るならMTB用のビンディングで良いしょう。ロード用のシューズでお店を歩き回るのは無理があります。そのため、ロード用はロードバイクを走る専用とする時だけ勧めます。街乗りも捨てがたいなら、普通のシューズでも乗れる片面フラットのMTB用のビンディングにすると、ストライクゾーンが広いと思います。
クリートはペダルに付属しますが、メーカー毎に違うので、互換性はありません。
どのメーカーにするかは難しいですが、ショップで相談して決めて下さい。
私は、LOOKのKEOという安いペダルを使ってます。これは、すぐにシューズを外せて、初心者に優しいと思います。また、軽いです。
ただ、ビンディングは慣れるまで、何度かコケると思います。
